Secondo me l'importante è che non si vada più di due volte a richiamare la panchina senza prendere provvedimenti, perchè altrimenti si perde di credibilità e autorevolezza sia con le panchine che coi giocatori in campo. Ti consiglio dunque di agire in questo modo:
1) Quando ti trovi a passare vicino la panchina interessata, fai un richiamo "volante" (non ufficiale, insomma) senza fermarti: in questo modo, fai sentire la tua presenza e fai capire che li stai osservando, senza però "giocarti" un vero e proprio richiamo agli occhi di tutti.
2) Se si rialzano, o se il mister continua a protestare, alla prima interruzione di gioco fermi tutto, vai lì e fai il primo richiamo "ufficiale" con tono deciso ma pacato.
3) Se la cosa si verifica nuovamente, fai un altro richiamo ufficiale precisando che è già la seconda volta che sei costretto ad interrompere il gioco per richiamarli, e che dev'essere anche l'ultima. Al limite, ci puoi aggiungere un'ulteriore raccomandazione al mister affinchè tenga sotto controllo i propri giocatori, ma stai pur certo che se comunichi col mister il messaggio lo ascoltano (e recepiscono) anche tutti gli altri membri della panchina.
Nella maggior parte dei casi, avrai raggiunto il tuo scopo senza prendere particolari provvedimenti. Tuttavia, qualora tutto ciò non dovesse risultare sufficiente, non puoi far altro che tornare verso la panchina e prendere provvedimenti disciplinari: allontanamento dell'allenatore o del dirigente, oppure ammonizione per un calciatore che protesta o continua a stare in piedi (a meno che il tipo di protesta in se' non meriti l'espulsione, è chiaro). Naturalmente, se vedi più giocatori in piedi non c'è bisogno di ammonirli tutti (risulterebbe grottesco e controproducente): ne prendi uno o due che magari ti sembrano più agitati o che si trovano più vicini alla linea laterale e li ammonisci, esortandoli a riaccomodarsi.
Supposto che siano stati seguiti i punti 1), 2) e 3), nel caso da te descritto (ossia 3-4 calciatori che si alzano ancora, insieme al massaggiatore), personalmente credo che allontanerei senz'altro il massaggiatore e ammonirei uno dei calciatori, giusto per far capire che anche loro rischiano di andare a fare la doccia se non si danno una calmata.
Spero di averti dato una risposta esauriente, fermo restando che si tratta sempre di un parere personale naturalmente