Il primo pdf che hai allegato si riferisce in generale a quella che dovrebbe essere la struttura del mondo arbitrale secondo i dettami della FIFA (per tutte le associazioni membre), con appunto un Referees' Committee, con Presidente e Vicario espressione del Comitato Esecutivo Federale, e un Refereeing Department, formato da esperti della materia, quindi ex arbitri (a questo modello non tutte le Federazioni si adeguano, per esempio quella statunitense o quella francese sì, quella italiana decisamente no, e preferisco quest'ultimo modello).
Questa dicotomia è presente a livello FIFA, e il Referees' Committee è quello che hai indicato nel secondo link (presieduto da un non arbitro come Boyce, con vice un non arbitro come Zhang e composto da tanti non arbitri come Makudi e Eldin), mentre il Refereeing Department è sostanzialmente il suo Responsabile (Busacca), che si serve di collaboratori non facilmente riscontrabili in documenti ufficiali, e nell'orbita del suo monitoraggio gravita anche l'insieme degli istruttori (tra cui i nostri Collina, Rosetti, Cumbo, Lastrucci, Conti, Castagna e Vaccari) e degli osservatori.
Come afferma la didascalia in cima al secondo link che hai allegato, il Referees' Committee interpreta il Regolamento del Calcio, ne propone le modifiche (il suo Presidente pro tempore è storicamente anche componente dell'IFAB in quota FIFA), e procede alle designazioni arbitrali; da questo punto di vista, Busacca non può essere considerato l'unico a cui indirizzare critiche per le designazioni, che vengono ufficialmente emanate dal Committee (come era stato il Committee a selezionare in ultima istanza gli arbitri per i Mondiali, sebbene lo stesso Busacca avesse affermato in un'intervista che prima di ogni deliberazione finale sarebbe stato ascoltato il suo parere).
Sul rapporto tra i 2 organismi, mi sono sempre basato sulla differenziazione che presentava questo documento (datato più di 5 anni fa, quando Villar Llona e non Boyce era a capo del Referees' Committee, Garcia Aranda e non Busacca era a capo del Refereeing Department, che a sua volta si distingueva dal Refereeing Development, presieduto da Tresaco Gracìa, oggi abolito e inglobato dentro il Committee, mentre la canadese Denoncourt è rimasta alla guida del Refereeing Department al femminile):
http://www.ausport.gov.au/__data/assets/pdf_file/0005/337640/Officiating_models_-_Gary_Power,_Football_Federation_Australia.pdf, nelle cui pagine iniziali viene definito che il Department deve occuparsi di dettare le linee per l'arbitraggio e sostanzialmente preparare gli arbitri in vista della successiva Coppa del Mondo.
In sostanza, queste famose disposizioni che sarebbero state date da Busacca devono in ogni caso essere state ratificate o concordate dal Committee (mi è sempre piaciuto pensare ad un rapporto analogo a quello tra il Consiglio di Amministrazione di un'azienda, e questo sarebbe il Committee, e il suo Amministratore Delegato, ovvero il capo del Refereeing Department), e credo che nessuno dei due organismi possa fare da scaricabarile sull'altro, anche se è difficile pensare che chi aveva il compito di selezionare e preparare gli arbitri di un Mondiale (Busacca) si tenga in disparte nel momento più decisivo, tenuto conto che i ruoli di responsabilità nel Committee sono rivestiti da persone che non hanno mai fatto l'arbitro in vita loro (e, compresi il Presidente e Vicepresidente, questa condizione si ritrova in 8 dei 28 componenti).